install-Seurat

Mint安装Seurat包

Mint是基于Debian和Ubuntu的Linux操作系统。实验室统一开发环境是Mint,用

1
cat /etc/linuxmint/info

查了一下我的Mint版本号是Mint19。打开Rstduio按照Seurat的安装步骤:

1
2
install.packages('Seurat')
library(Seurat)

第一步就出错了,ggplot2安装失败,原因是其依赖的另一package无法找到。由于目前不在实验室,当时没有记录,所以无法回忆其当时的包名。Google搜索后发现这个包要求R需要是>3.5。所以我的目前的主要任务集中在怎样把目前的R3.4版本升级至3.5。网上一堆教程,都是通过更新recv-keys,例如:

1
2
3
apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys xxxxxx
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade r-base r-base-dev

多次尝试,包括修改source.list文件内容均告失败。最后的办法是把原来的R版本所有包都卸载,重新安装信版本。

1
2
3
4
5
6
sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo apt update
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo apt update

安装r-base-core后,即可以做后续的安装工作了。打开Rstudio,发现已经是R3.5版本了。